Il progetto interesserà le seguenti zone di protezione speciale (ZPS) e siti di importanza comunitaria (SIC):

ZONE ZPS

ITB013044 - Capo Caccia: l'area è anche un territorio di EFS. la zona più centrale, conosciuta come "Arca", è un oasi permanente di protezione faunistica (LR 23/98), mentre la fascia costiera è parte dell'Area Marina Protetta di Capo Caccia e Punta Giglio (L. 979/82) . E' presente un oasi permanente di protezione faunistica e di cattura. La zona ricade nel Parco Regionale di Porto Conte (LR 31/89). Si può considerare uno dei siti più importanti del Mediterraneo per la nidificazione di Gyps fulvus e Hydrobates pelagicus.

ITB023037 - Costa e Entroterra di Bosa, Suni e Montresta: la vasta area di natura effusiva si caratterizza per le coste alte e per la limitatezza delle spiagge, per cui solamente le associazioni alofile rupicole della classe Chritmo-Limonietea sono ben rappresentate.

ITB023050 - Piana di Semestene, Bonorva, Macomer e Bortigali: nel sito risiede e si riproduce una delle colonie nazionali di maggiori dimensioni della Gallina Prataiola; inoltre, nidificano diverse altre importanti specie animali: Nibbio reale, Albanella minore, Grillaio, Occhione, Ghiandaia marina, ecc. 

ZONE SIC

ITB010042 - Capo Caccia (con le Isole Foradada e Piana) e Punta del Giglio

ITB020041 - Entroterra e zona costiera tra Bosa, Capo Marargiu e Porto Tangone

ITB020040 - Valle del Temo: il SIC è caratterizzato nel territorio bosano dalla valle interna e incassata del fiume Temo e parte dei suoi affluenti, contornata de pendii poco scoscesi e da ripiani. Un ambiente rimasto quasi interamente non intaccato dall'opera dell'uomo. Nella parte del territorio di Suni invece appare pianeggiante e utilizzato dall'uomo per le attività agropastorali. La varietà dei biotopi (ambienti fluviali, stagni temporanei, ambienti rocciosi, foreste di querce, macchia mediterranea ed ambienti steppici) presenti in un ambito relativamente ristretto come quello del SIC, utilizzati esclusivamente in modo estensivo, accresce notevolmente la diversità biologica, tanto da rendere l'area di notevole interesse conservazionistico.

ITB021101 - Altopiano di Campeda: l'altopiano ha un'altezza di circa 650 mt. E' una delle zone più fredde ed innevate della Sardegna. All'interno del SIC sono presenti numerose aziende agrozootecniche a pratica estensiva che hanno contribuito all'espansione e al mantenimento dell'habitat seminaturale "Percorsi sub-steppici di graminacee e piante annue dei Thero-Brachypodietea" che sopravvive grazie alla loro presenza. Importante è anche la presenza delle acque stagnanti con vegetazione dei Littorelletea e/o degli Isoeto-Nanojuncetea e le Dehesas con Quercus spp. sempreverde.

ITB011155 - Lago Baratz Porto Ferro: unico lago naturale della Sardegna, alimentato dal solo bacino imbrifero che lo circonda. Area geologicamente costituita da formazioni di rocce sedimentarie, prevalentemente arenarie e sabbie, e rocce metamorfiche di tipo scistoso.